广州中医药大学创办于1956年，由学校直接领导的附属医院目前包括有：第一附属医院、第二附属医院（广东省中医院）、附属骨伤科医院和附属粤海医院。原芳村区的卫生医疗服务较老城区落后，区内无一家三甲医院。广州中医药大学与原芳村区政府多次磋商并达成共识，决定在广州中医药大学附属骨伤科医院和芳村区中医院的基础上组建广州中医药大学第三附属医院（以下简称“中医三院”），该项目的建设于2001年取得广东省中医药局（粤中医函【2001】44号）和广东省发展计划委员会的批复（粤计社【2001】1070号）。中医三院组建后，院址暂用区中医院。该院址位于芳信路，芳村大道以南，周边已是密集的建成区，已无进一步发展空间，因此计划在龙溪大道芳村体育中心以东、花地河以西地块异地新建。

  医院产生的粪便污水经化粪池处理，食堂含油污水经隔油隔渣处理，与其他废水一起进入污水处理站进行隔栅、调节、沉淀、消毒处理，达到《医疗机构水污染物排放标准》（GB18466-2005）综合医疗机构和其他医疗机构水污染物排放限值的预处理标准和广东省《水污染物排放标准》（DB44/26-2001）第二时段三级标准的较严格标准后，再经龙溪大道现有DN400市政管排入西朗污水处理厂处理，处理达标的尾水排入花地河，最终汇入珠江广州平洲水道。

  自建规模为1200吨/日2＃污水处理站，对医疗废水落实预处理→二级生化处理→消毒处理。

  医疗废水经上述治理后，达到广东省地方标准《水污染物排放限值》（DB44/26-2001）第二时段三级标准及《医疗机构水污染物排放标准》（GB18466-2005）预处理标准，由总排水口接入市政管网，交西朗污水处理厂作二级生化处理，最终排入花地河。